Otto von Machland und seine Gemahlin stifteten 1141 an ihrem Sitz auf dem Ulrichsberg eine Zisterze, die „im Baumgarten“ errichtet wurde. Die ersten Mönche kamen aus Morimond, doch wurde das Kloster einer Gründung Morimonds, dem Stift Heiligenkreuz, unterstellt. Von der gotischen Bausubstanz ist heute kaum etwas erhalten, die Barockosierung begann im 17. Jahrhundert, Barockbaumeister der Kirche war Carlo Antonio Carlone.
Die Aufhebung des Klosters erfolgte 1784 unter Kaiser Joseph II. Herrschaft und Kloster wurden als Ausstattung für das Domkapitel der neugegründeten Diözese Linz verwendet, seit 1859 ist die Kirche Pfarrkirche. Das Klostergebäude wurde zuerst als Gefängnis verwendet und 1852 vom Domkapitel an Erzherzog Maximilian d‘Este verkauft, der es dem Jesuitenorden schenkte. Die Jesuiten verkauften es aber bereits 1865 an die Schwestern vom Guten Hirten weiter.
Festschrift 850 Jahre Baumgartenberg. Gestaltung u. Red. Arbeitsgemeinschaft „850 Jahre Baumgartenberg“ (Baumgartenberg 1991).
P. Ludwig Keplinger, Ehemaliges Männerkloster Baumgartenberg in Oberösterreich, in: Zisterzienserklöster in Österreich, hg. von der Österreichischen Zisterzienserkongregation (Salzburg 2004) 162–165.
Reste des ehemaligen Stiftsarchivs, hauptsächlich Verwaltungs- und Gerichtsakten, befinden sich im Oberösterreichischen Landesarchiv und umfassen 77 Schachteln, 143 Handschriften, 11 Faszikel, 60 Urkunden (siehe Online-Verzeichnis). Urkundendigitalisate sind online auf www.monasterium.net.
Handschriften und Wiegendrucke aus der Stiftsbibliothek Baumgartenberg befinden sich heute in der Oberösterreichischen Landesbibliothek.
